Capacitación sobre análisis bioinformático de secuencias genómicas aplicada al estudio de virus con relevancia para Una Salud (One Health)

/in /by

El objetivo del curso intensivo es capacitar a los participantes en la base teórica de la secuenciación masiva y en la manipulación y análisis de los datos obtenidos (archivos fastq). El curso está dirigido a investigadores en el área de diagnóstico molecular y caracterización genética de patógenos virales. No requiere conocimientos avanzados de bioinformáticas (programación) pero si conocimientos básicos que les permitan trabajar con secuencias (estructura de genes y genomas, transcripción, traducción, PCR, secuenciación Sanger). Es conveniente tener bases de virología, particularmente sobre ciclos virales y estructura genómica de los modelos que se aplicarán (influenza, coronavirus, parvovirus).

Se utilizará un programa de edición de secuencias (Geneious) que tiene una interfase gráfica amigable que permite ensamblar y analizar archivos de secuenciación masiva (fastq). Además, cuenta con utilidades para visualizar la estructura y expresión de los genomas, y realizar análisis filogenéticos. El manejo del programa no requiere conocimientos avanzados de computación y puede utilizarse en equipos portátiles con diversos sistemas operativos.

El curso será impartido por la Dra. Yanina Panzera y el Dr. Ruben Pérez, docentes e investigadores de la Sección Genética Evolutiva de la Facultad de Ciencias de Uruguay y estará organizado por el Dr. René Ortega Vásquez, Laboratorio de Inmunología y Virología Animal (LIVA), Facultad de Ciencias Veterinarias, Universidad de Concepción-Chile.

Durante el práctico se utilizarán modelos virales simples, como el Parvovirus canino, y virus de relevancia en el marco de Una Salud (SARS-CoV-2, influenza aviar). Se adjunta la bibliografía relacionada con los modelos virales y un breve cronograma del curso.

 

 

BIBLIOGRAFÍA

  1. Development of an accurate and rapid method for whole genome characterization of canine parvovirus. Emma Condon, Sofía Grecco, Ana Marandino, Jaime Aldaz, Javier Enciso, Luis Alfaro, Danilo Bucafusco, Ruben Pérez, Yanina Panzera. Journal of Virological Methods, December 2023, 114870. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2023.114870.
  2. Spreading of the High-Pathogenicity Avian Influenza (H5N1) Virus of Clade 2.3.4.4b into Uruguay. Ana Marandino, Gonzalo Tomás Yanina Panzera, Carmen Leizagoyen Ramiro Pérez, Lucía Bassetti, Raúl Negro, Sirley Rodríguez, Ruben Pérez. Viruses, v.: 15 p.:1906, 2023. http://dx.doi.org/10.3390/v15091906.
  3. Highly pathogenic avian influenza H5N1 virus infections in pinnipeds and seabirds in Uruguay: a paradigm shift to virus transmission in South America. Gonzalo Tomás, Ana Marandino, Yanina Panzera, Sirley Rodríguez, Gabriel Luz Wallau, Filipe Zimmer Dezordi, Ramiro Pérez, Lucía Bassetti, Raúl Negro, Joaquín Williman, Valeria Uriarte, Fabiana Grazioli, Carmen Leizagoyen, Sabrina Riverón, Jaime Coronel, Soledad Bello, Enrique Páez, Martín Lima, Virginia Méndez, and Ruben Pérez. bioRxiv preprint December 15, 2023. doi: https://doi.org/10.1101/2023.12.14.571746.
  4. Consecutive deletions in a unique Uruguayan SARS-CoV-2 lineage evidence the genetic variability potential of accessory genes. Yanina Panzera, Lucía Calleros, Natalia Goñi, Ana Marandino, Claudia Techera, Sofía Grecco, Natalia Ramos, Sandra Frabasile, Gonzalo Tomás, Emma Condon, María Noel Cortinas, Viviana Ramas, Leticia Coppola, Cecilia Sorhouet, Cristina Mogdasy, Héctor Chiparelli, Juan Arbiza, Adrian Delfraro, Ruben Pérez. PLoS ONE, v.: 17 p.:63563, 2022. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0263563.
  5. Detection and genome characterization of SARS-CoV-2 P.6 lineage in dogs and cats living with Uruguayan COVID-19 patients. Panzera, Y.*, Mirazo, S., Baz, M., Techera, C., Grecco, S., Cancela, F., Fuques, E., Condon, E., Calleros, L., Camilo, N., Fregossi, A., Vaz, I., Pessina, P., Deshpande, N., Pérez, R., Benech, A. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, 2022. doi: Emergence and spreading of the largest SARS-CoV-2 deletion in the Delta AY.20 lineage from Uruguay. Panzera, Y., Cortinas, M. N., Marandino, A., Calleros, L., Bormida, V., Goñi, N., Techera, C., Grecco, S., Williman, J., Ramas, V., Coppola, L., Mogdasy, C., Chiparelli, H., & Pérez, R. Gene Reports, v.: 29 p.:101703, 2022. http://dx.doi.org/10.1016/j.genrep.2022.101703 1590/0074-02760220177
  6. A deletion in SARS‐CoV‐2 ORF7 identified in COVID‐19 outbreak in Uruguay. Panzera, Y., Ramos, N., Frabasile, S., Calleros, L., Marandino, A., Tomás, G., Techera, C., Grecco, S., Fuques, E., Goñi, N., Ramas, V., Coppola, L., Chiparelli, H., Sorhouet, C., Mogdasy, C., Arbiza, J., Delfraro, A., Perez, R., 2021. Emerg. Dis. tbed.14002. https://doi.org/10.1111/tbed.14002.
  7. Transmission cluster of COVID-19 cases from Uruguay: emergence and spreading of a novel SARS CoV-2 ORF6 deletion. Panzera, Y., Ramos, N., Calleros, L., Marandino, A., Tomás, G., Techera, C., Grecco, S., Frabasile, S., Fuques, E., Coppola, L., Goñi, N., Ramas, V., Sorhouet, C., Bormida, V., Burgueño, A., Brasesco, M., Garland, M. R., Molinari, S., Perez, M. T., Pérez, R. Memorias Do Instituto Oswaldo Cruz, v.: 116, 2021. http://dx.doi.org/10.1590/0074-02760210275.

 

CRONOGRAMA:

 

FECHAS

 

 ACTIVIDADES/MODALIDAD

 
 

Charlas Teóricas

(Martes 19/3)

 15-16:30 hrs Obtención de genomas virales mediante secuenciación masiva. Dra. Yanina Panzera
17:15-19 hrs Epidemiología genómica viral en un contexto One Health.

Dr. Ruben Pérez
 

 

Clases bioinformática

Miércoles 20

Jueves 21

 14:30-18:30 hrs Herramientas bioinformáticas para el manejo de datos masivos.

Análisis de secuencias. Visualización y anotación de genomas virales.

Análisis y filtrado de datos masivos (archivos fastq).

Ensamblaje de genomas utilizando secuencias de referencia.
14:30-18:30 hrs Generación de secuencias consenso. Análisis de variantes y análisis filogenético.

Flujos de trabajo automatizados (workflows).

Seminario de discusión