La Carrera de Medicina Veterinaria fue creada, en la ciudad de Concepción por el Honorable Consejo Universitario en el año 1972. Inicialmente la Carrera quedó bajo la tuición del Instituto de Biología y las asignaturas que se dictaban en la carrera eran responsabilidad de los Institutos Centrales del área de las Ciencias Biológicas y Médico Biológicas. Posteriormente, en el año 1973, el Consejo Universitario decidió trasladar la Carrera de Medicina Veterinaria al Campus Chillán a partir de 1974.
En sus comienzos en 1972, la Carrera se encontraba adscrita a la Escuela de Medicina Veterinaria, siendo en ese entonces director de Escuela el Dr. Julio Quiñones. Posteriormente, al ser trasladada al Campus Chillán, su estructura administrativa origina el Departamento de Medicina Veterinaria de la Facultad de Ciencias Agronómicas y Forestales, siendo el Dr. Paul Strooman el Director de Departamento, a quien le sucede en 1980 el Dr. Rafael Ledesma. En 1982 asume transitoriamente la Dirección del Departamento el Dr. Lionel Leigh. El mismo año ejerce la Dirección del Departamento el Dr. Paul Hebel, quien se desempeña en el cargo hasta 1990. Es reemplazado por el Dr. Alejandro Santa María.
El Departamento de Medicina Veterinaria tuvo un importante desarrollo, por lo que la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales se transforma en la Facultad de Ciencias Agronómicas, Veterinarias y Forestales. Con la creación en el Campus Chillán de la carrera de Ingeniería Agrícola y más tarde, con el traslado de la carrera de Ingeniería Forestal a Concepción, la Facultad de Ciencias Agronómicas, Veterinarias y Forestales se transforma en el año 1993, dando origen a Facultad de Medicina Veterinaria.
Entre 1993 y 1998, el Dr. Alejandro Santa María se desempeña como el primer Decano de la Facultad. En 1994 se crean los actuales Departamentos y se realiza la primera elección de Directores: el Dr José F Cox en Ciencias Pecuarias; el Dr. Armando Islas en Ciencias Clínicas y el Dr. Manuel Quezada en Patología y Medicina Preventiva. En 1994 se adquiere el Predio Pilquimávida, destinado a docencia y en 1995 se duplica el espacio construido de Patología y se construye el edificio de Ciencias Pecuarias (actualmente Ciencia Animal). En 1993 se crea el primer programa de postgrado de la Facultad, el Magister Cs Veterinarias con mención Higiene y Tecnología de los Alimentos.
En 1998, asume el Decanato el Dr. Rubén Pérez Fernández. En su período se logra la Acreditación de la CNA para carrera de Medicina Veterinaria, la primera del país, con una duración de 5 años (2003-2008); se reorganiza el Hospital Clínico Veterinario en el año 2002 y en 2004 se crea la carrera de Medicina Veterinaria en la ciudad de Concepción.
En diciembre del año 2004, asume nuevamente como Decano el Dr. Alejandro Santa María. Entre los hechos más relevantes de este período se encuentra la creación de la Red de Articulación y Mejoramiento de la Educación Técnico Profesional y Agroindustrial del Biobío, presidida por el Dr. Alejandro Santa María, la que, entre otras importantes contribuciones, permite bajo la Dirección Ejecutiva del Dr. Patricio Rojas, la modificación de los planes curriculares de todos los liceos Técnico Profesionales del sector agropecuario de la región. En 2004 se crea el primer Doctorado de la Facultad, en asociación con las Facultades de Agronomía y Ciencias Forestales. Este programa se discontinúa en 2010, siendo remplazado en 2012 por el Programa de Doctorado en Ciencias Veterinarias. En 2007 se cambia el nombre de la Facultad a Facultad de Ciencias Veterinarias y se construye en Concepción la Clínica Veterinaria anexa al edificio Docente, también inaugurado ese año.
En 2008 se firmó un Convenio para el reconocimiento de los títulos de pregrado con la Universidad de Córdoba, España, con lo cual los egresados pudieron acceder a una doble titulación. Posteriormente esta colaboración se amplió con la dictación entre 2008 y 2011 de un programa de Doctorado conjunto con la Facultad de Veterinaria de la Universidad de Córdoba. En 2011 se reformula el antiguo Magister en Ciencias Veterinarias creándose el Magister en Ciencias Veterinarias mención Calidad e Inocuidad de Alimentos de Origen Animal y el Magister en Tecnología y Seguridad de Alimentos de Origen Animal. Se inicia además el Magíster en Medicina y Cirugía de Pequeños Animales, basado en el Diplomado en Medicina Veterinaria de Pequeños Animales existente desde 2004.
El crecimiento y desarrollo de la Facultad de Ciencias Veterinarias se ha mantenido en el tiempo con la creación del Laboratorio de Biotecnología y el primer clon en bovinos en Chile, con la inauguración de nuevos laboratorios y dependencias del Departamento de Ciencia Animal. En 2012 se pone en marcha la Oficina de Educación Médico Veterinaria.
En 2014 asume el Decanato el Dr. Patricio Rojas. En ese año el Club Hípico de Concepción renovó con la Facultad un convenio que permite controlar la Clínica Veterinaria del Club por un periodo de 10 años, generando un campo clínico exclusivo, donde los estudiantes pueden adquirir las competencias necesarias para el ejercicio profesional en el ámbito de la medicina equina. Además, se logra reacreditar la carrera en la CNA por 6 años y en 2018 se obtiene una acreditación internacional, en ARCUSUR, Sistema de Acreditación Regional de Carreras Universitarias de los Estados Partes del MERCOSUR y Estados Asociados, por un periodo de 6 años (2018-2024), lo que permite a alumnos y docentes realizar prácticas y pasantías en los países pertenecientes a este convenio, Argentina, Brasil, Paraguay, Uruguay, Bolivia y Chile. En 2019 se reacredita el Doctorado en Ciencias Veterinarias, por 5 años y en 2021 se inicia la construcción de un edificio independiente para el Decanato de la Facultad en Chillan, con lo que se completa el plan de desarrollo de la infraestructura en dicho Campus.
