{"id":5992,"date":"2024-03-08T08:27:21","date_gmt":"2024-03-08T12:27:21","guid":{"rendered":"https:\/\/vet.udec.cl\/sitio\/?p=5992"},"modified":"2024-03-08T09:02:48","modified_gmt":"2024-03-08T13:02:48","slug":"capacitacion-sobre-analisis-bioinformatico-de-secuencias-genomicas-aplicada-al-estudio-de-virus-con-relevancia-para-una-salud-one-health","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/vet.udec.cl\/sitio\/capacitacion-sobre-analisis-bioinformatico-de-secuencias-genomicas-aplicada-al-estudio-de-virus-con-relevancia-para-una-salud-one-health\/2024\/5992\/","title":{"rendered":"Capacitaci\u00f3n sobre an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico de secuencias gen\u00f3micas aplicada al estudio de virus con relevancia para Una Salud (One Health)"},"content":{"rendered":"

El objetivo del curso intensivo es capacitar a los participantes en la base te\u00f3rica de la secuenciaci\u00f3n masiva y en la manipulaci\u00f3n y an\u00e1lisis de los datos obtenidos (archivos fastq). El curso est\u00e1 dirigido a investigadores en el \u00e1rea de diagn\u00f3stico molecular y caracterizaci\u00f3n gen\u00e9tica de pat\u00f3genos virales. No requiere conocimientos avanzados de bioinform\u00e1ticas (programaci\u00f3n) pero si conocimientos b\u00e1sicos que les permitan trabajar con secuencias (estructura de genes y genomas, transcripci\u00f3n, traducci\u00f3n, PCR, secuenciaci\u00f3n Sanger). Es conveniente tener bases de virolog\u00eda, particularmente sobre ciclos virales y estructura gen\u00f3mica de los modelos que se aplicar\u00e1n (influenza, coronavirus, parvovirus).<\/p>\n

Se utilizar\u00e1 un programa de edici\u00f3n de secuencias (Geneious) que tiene una interfase gr\u00e1fica amigable que permite ensamblar y analizar archivos de secuenciaci\u00f3n masiva (fastq). Adem\u00e1s, cuenta con utilidades para visualizar la estructura y expresi\u00f3n de los genomas, y realizar an\u00e1lisis filogen\u00e9ticos. El manejo del programa no requiere conocimientos avanzados de computaci\u00f3n y puede utilizarse en equipos port\u00e1tiles con diversos sistemas operativos.<\/p>\n

El curso ser\u00e1 impartido por la Dra. Yanina Panzera y el Dr. Ruben P\u00e9rez, docentes e investigadores de la Secci\u00f3n Gen\u00e9tica Evolutiva de la Facultad de Ciencias de Uruguay y estar\u00e1 organizado por el Dr. Ren\u00e9 Ortega V\u00e1squez, Laboratorio de Inmunolog\u00eda y Virolog\u00eda Animal (LIVA), Facultad de Ciencias Veterinarias, Universidad de Concepci\u00f3n-Chile.<\/p>\n

Durante el pr\u00e1ctico se utilizar\u00e1n modelos virales simples, como el Parvovirus canino, y virus de relevancia en el marco de Una Salud (SARS-CoV-2, influenza aviar). Se adjunta la bibliograf\u00eda relacionada con los modelos virales y un breve cronograma del curso.<\/p>\n

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BIBLIOGRAF\u00cdA<\/p>\n

    \n
  1. Development of an accurate and rapid method for whole genome characterization of canine parvovirus. Emma Condon, Sof\u00eda Grecco, Ana Marandino, Jaime Aldaz, Javier Enciso, Luis Alfaro, Danilo Bucafusco, Ruben P\u00e9rez, Yanina Panzera. Journal of Virological Methods,<\/em> December 2023, 114870. https:\/\/doi.org\/10.1016\/j.jviromet.2023.114870<\/a>.<\/li>\n
  2. Spreading of the High-Pathogenicity Avian Influenza (H5N1) Virus of Clade 2.3.4.4b into Uruguay. Ana Marandino, Gonzalo Tom\u00e1s Yanina Panzera, Carmen Leizagoyen Ramiro P\u00e9rez, Luc\u00eda Bassetti, Ra\u00fal Negro, Sirley Rodr\u00edguez, Ruben P\u00e9rez. Viruses, v.: 15 p.:1906, 2023. http:\/\/dx.doi.org\/10.3390\/v15091906<\/a>.<\/li>\n
  3. Highly pathogenic avian influenza H5N1 virus infections in pinnipeds and seabirds in Uruguay: a paradigm shift to virus transmission in South America. Gonzalo Tom\u00e1s, Ana Marandino, Yanina Panzera, Sirley Rodr\u00edguez, Gabriel Luz Wallau, Filipe Zimmer Dezordi, Ramiro P\u00e9rez, Luc\u00eda Bassetti, Ra\u00fal Negro, Joaqu\u00edn Williman, Valeria Uriarte, Fabiana Grazioli, Carmen Leizagoyen, Sabrina River\u00f3n, Jaime Coronel, Soledad Bello, Enrique P\u00e1ez, Mart\u00edn Lima, Virginia M\u00e9ndez, and Ruben P\u00e9rez. bioRxiv preprint December 15, 2023. doi: https:\/\/doi.org\/10.1101\/2023.12.14.571746<\/a>.<\/li>\n
  4. Consecutive deletions in a unique Uruguayan SARS-CoV-2 lineage evidence the genetic variability potential of accessory genes. Yanina Panzera, Luc\u00eda Calleros, Natalia Go\u00f1i, Ana Marandino, Claudia Techera, Sof\u00eda Grecco, Natalia Ramos, Sandra Frabasile, Gonzalo Tom\u00e1s, Emma Condon, Mar\u00eda Noel Cortinas, Viviana Ramas, Leticia Coppola, Cecilia Sorhouet, Cristina Mogdasy, H\u00e9ctor Chiparelli, Juan Arbiza, Adrian Delfraro, Ruben P\u00e9rez. PLoS ONE, v.: 17 p.:63563, 2022. http:\/\/dx.doi.org\/10.1371\/journal.pone.0263563<\/a>.<\/li>\n
  5. Detection and genome characterization of SARS-CoV-2 P.6 lineage in dogs and cats living with Uruguayan COVID-19 patients. Panzera, Y.*, Mirazo, S., Baz, M., Techera, C., Grecco, S., Cancela, F., Fuques, E., Condon, E., Calleros, L., Camilo, N., Fregossi, A., Vaz, I., Pessina, P., Deshpande, N., P\u00e9rez, R., Benech, A. Mem\u00f3rias do Instituto Oswaldo Cruz, 2022. doi: Emergence and spreading of the largest SARS-CoV-2 deletion in the Delta AY.20 lineage from Uruguay. Panzera, Y., Cortinas, M. N., Marandino, A., Calleros, L., Bormida, V., Go\u00f1i, N., Techera, C., Grecco, S., Williman, J., Ramas, V., Coppola, L., Mogdasy, C., Chiparelli, H., & P\u00e9rez, R. Gene Reports, v.: 29 p.:101703, 2022. http:\/\/dx.doi.org\/10.1016\/j.genrep.2022.101703 1590\/0074-02760220177<\/a><\/li>\n
  6. A deletion in SARS\u2010CoV\u20102 ORF7 identified in COVID\u201019 outbreak in Uruguay. Panzera, Y., Ramos, N., Frabasile, S., Calleros, L., Marandino, A., Tom\u00e1s, G., Techera, C., Grecco, S., Fuques, E., Go\u00f1i, N., Ramas, V., Coppola, L., Chiparelli, H., Sorhouet, C., Mogdasy, C., Arbiza, J., Delfraro, A., Perez, R., 2021. Emerg. Dis. tbed.14002. https:\/\/doi.org\/10.1111\/tbed.14002<\/a>.<\/li>\n
  7. Transmission cluster of COVID-19 cases from Uruguay: emergence and spreading of a novel SARS CoV-2 ORF6 deletion. Panzera, Y., Ramos, N., Calleros, L., Marandino, A., Tom\u00e1s, G., Techera, C., Grecco, S., Frabasile, S., Fuques, E., Coppola, L., Go\u00f1i, N., Ramas, V., Sorhouet, C., Bormida, V., Burgue\u00f1o, A., Brasesco, M., Garland, M. R., Molinari, S., Perez, M. T., P\u00e9rez, R. Memorias Do Instituto Oswaldo Cruz, v.: 116, 2021. http:\/\/dx.doi.org\/10.1590\/0074-02760210275<\/a>.<\/li>\n<\/ol>\n

     <\/p>\n

    CRONOGRAMA:<\/strong><\/p>\n

     <\/p>\n\n\n\n\n\n\n\n
    FECHAS<\/strong><\/p>\n

    \u00a0<\/strong><\/td>\n

    		ACTIVIDADES\/MODALIDAD<\/strong><\/p>\n

    \u00a0<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n

    \u00a0<\/strong><\/p>\n

    Charlas Te\u00f3ricas<\/strong><\/p>\n

    (Martes 19\/3)<\/strong><\/td>\n

    		15-16:30 hrs<\/strong><\/td>\nObtenci\u00f3n de genomas virales mediante secuenciaci\u00f3n masiva. Dra. Yanina Panzera<\/td>\n<\/tr>\n
    17:15-19 hrs<\/strong><\/td>\nEpidemiolog\u00eda gen\u00f3mica viral en un contexto One Health.<\/p>\n

    Dr. Ruben P\u00e9rez<\/td>\n<\/tr>\n

    \u00a0<\/strong><\/p>\n

    \u00a0<\/strong><\/p>\n

    Clases bioinform\u00e1tica<\/strong><\/p>\n

    Mi\u00e9rcoles 20<\/strong><\/p>\n

    Jueves 21<\/strong><\/td>\n

    		14:30-18:30 hrs<\/strong><\/td>\nHerramientas bioinform\u00e1ticas para el manejo de datos masivos.<\/p>\n

    An\u00e1lisis de secuencias. Visualizaci\u00f3n y anotaci\u00f3n de genomas virales.<\/p>\n

    An\u00e1lisis y filtrado de datos masivos (archivos fastq).<\/p>\n

    Ensamblaje de genomas utilizando secuencias de referencia.<\/td>\n<\/tr>\n

    14:30-18:30 hrs<\/strong><\/td>\nGeneraci\u00f3n de secuencias consenso. An\u00e1lisis de variantes y an\u00e1lisis filogen\u00e9tico.<\/p>\n

    Flujos de trabajo automatizados (workflows<\/em>).<\/p>\n

    Seminario de discusi\u00f3n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

    \"\"<\/a>\"\"<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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